1531
Martim Afonso de Souza zarpa da Bahia, avista a ilha e nome-a de "Tynharéa".
Na divisão do Brasil em capitanias hereditárias, Jorge Figueiredo Correia recebe da Coroa as terras que mais tarde seriam conhecidas como a capitania dos Ilhéus.
Naufrágio do barco espanhol 'Madre de Dios' na atual Ponta dos Castelhanos, no sul da ilha de Boipeba. Por esta ocasião, estava de passagem pelas ilhas, a figura carismática de Caramuru.
Francisco Romero, enviado de Figueiredo Correia como lugar-tenente, zarpa de Lisboa chegando a Salvador em dezembro.
Francisco Romero escolhe Morro de São Paulo como sede da capitania, batiza a vila e começa as construções. Pouco tempo depois, decide transferir a vila e fundar a atual cidade de Ilhéus.
Figueiredo Correia cria várias sesmarias. Uma delas abrangia aproximadamente a área entre as atuais cidades de Itacaré e Valença, e é doada a Mem de Sá, futuro Governador Geral.
Os Jesuítas se estabelecem em Taperoá, em frente às ilhas, e em Cairú.
A grande epidemia de varíola resulta em morte e dispersão dos Tupinambás na região, abrindo caminho para os Aimorés, que vinham do sul.
Mem de Sá, já Governador Geral, doa aos jesuítas a chamada sesmaria das Doze Léguas que ele ganhou em 1537.
Os Aimorés atacam Porto Seguro e Ilhéus. Os refugiados chegam a Cairú e Boipeba.
Lucas Giraldes, segundo donatário da Capitania dos Ilhéus, ordena oficialmente a criação das vilas de Cairú, Boipeba e Camamu. A sesmaria dos jesuítas é conhecida como as doze léguas de Camamu.
Fundação de Nossa Senhora do Santo Amparo, atual cidade de Valença.
Os Aimorés atacam a região de Tinharé e causam o abandono completo do povoado de N. Sra. do Amparo e a fuga dos moradores pelas ilhas.
Em Morro de São Paulo, a família Saraiva-Goes manda construir a capela de Nossa Senhora da Luz no alto do Morro, onde hoje se encontra o farol.
Os jesuítas fundam a Residência de São Francisco Xavier no Galeão, ponta oeste da ilha de Tinharé.
Primeira visita de uma esquadra holandesa às águas de Tinharé, sob o comando de Jacob Willekens e Johan van Dortt, antes de tomar Salvador.
Os holandeses são expulsos de Salvador. Menos de um mês depois, Tinharé recebe a visita de uma segunda esquadra holandesa, sob o comando de Boudewijn Hendriczood. Está se dispersa ao saber da retomada.
Pieter Van Heyn ataca Salvador várias vezes, permanecendo por meses na região, antes de ir para o Caribe. Envia uma embarcação sob o comando de um brasileiro, um certo 'Mãozinha', para saquear a ilha de Tinharé. Ocorre, pela ocasião, segundo a lenda, um milagre atribuído à N. Senhora da Luz, que teria criado uma 'ilusão' de que a costa estava protegida por um grande batalhão de soldados, afugentando os invasores.
Começa a construção da Fortaleza do Morro de São Paulo, ordenado pelo Governador Geral Diogo Luís de Oliveira. Esta primeira fase das construções acaba levando quase cem anos para a sua conclusão, constituindo a estrutura do Forte Velho, ou Forte da Conceição.
O Governador Antônio Teles da Silva obriga os moradores do arquipélago a abastecerem de farinha todas as tropas até Salvador.
Oficialização do funcionamento do forte em Morro de São Paulo.
Instituição de uma guarda fixa na fortaleza do Morro de São Paulo, recrutada entre os moradores das ilhas.
O Conde de Sabugosa, Vasco Fernades Cesar De Menezes, Vice-rei, ordena a criação de um ponto de fiscalização no Morro, estabelecendo controle sobre a região, de acesso às minas de ouro do interior.
O Conde de Sabugosa inicia ambiciosas obras de extensão na fortaleza do Morro de São Paulo. Constrói o 'Forte da Ponta', ou Tapirandu, que ainda existe, em ruínas, e é o que hoje comumente chamamos de 'forte'. Também são construídos os pequenos fortes do Zimbeiro e o do São Luiz, ao alto do Morro, dos quais hoje só restam pequenos fragmentos.
O Conde de Sabugosa suspende a obrigação de fornecimento de mandioca às tropas da fortaleza, atendendo ao pedido dos produtores.
O Conde de Sabugosa inicia a construção da muralha que acompanharia o canal de entrada ás águas de Tinharé, integrando o conjunto da fortificação. Vinte anos mais tarde, essas obras ainda estariam inacabadas.
Construção da Fonte Grande, com a contratação de um arquiteto francês, para o abastecimento das tropas com água.
Em sua fase áurea, o forte do Morro contava com cinco construções e baterias em muros de 678m de extensão, 51 peças de artilharia e uma guarnição com 183 homens, sendo uma das maiores do Brasil.
Uma tempestade danifica a fortaleza do Morro. As obras de restauração só se iniciam após 20 anos.
Famosa polêmica na corte sobre as reais necessidades de restaurar-se o forte do Morro. Os dois fortes menores são classificados como ruínas.
Sob a supervisão de Domingo Álvares Branco Muniz, as obras de restauração conferem ao forte do Morro o seu aspecto atual.
Santo Amparo é elevada à vila de Nova Valença do Santíssimo Coração de Jesus, desmembrando-se de Cairú.
Êxodo da população de Boipeba para o continente, Boipeba perde a categoria de vila. Jequié, atual Nilo Peçanha, situada à sua frente, no continente, eleva-se à vila e passa a chamar-se Nova Boipeba.
O almirante Lord Thomas Cockrane e suas forças estabelecem base para as operações da primeira esquadra brasileira na baía de Tinharé, no âmbito das lutas da independência. Nesse período, parte dos canhões da reserva de artilharia da fortificação do Morro é transferida para Salvador.
Completam-se as obras da nova igreja de Nossa Senhora da Luz, em Morro de São Paulo.
Nova Boipeba acaba perdendo o status de vila para Taperoá. O engenheiro J. Monteiro Carson da fábrica de tecidos de Valença constrói o farol do Morro de São Paulo.
O Imperador Dom Pedro II visita Morro de São Paulo. Acréscimo das inscrições no portal do forte e portaló do Morro de São Paulo.
Escavações ilegais são feitas na igreja de Velha Boipeba, aparentemente em busca de um tesouro.
1946
Desconhecidos dizendo-se autorizados fazem escavações na Fonte Grande em Morro de São Paulo, danificando-a.