A Ilha de Boipeba está inserida no Arquipélago de Tinharé que é composto por trinta e seis ilhas. O arquipélago esta localizado no baixo sul da Bahia, próxima as cidades de Valença, Nilo Peçanha, Ituberá e Taperoá. A sede que administra todo o arquipélago fica na Ilha de Cairú, na cidade de Cairú que é o único município e arquipélago do Brasil.
O arquipélago é banhado de um lado pelo Rio do Inferno e seus afluentes onde se torna a navegação traiçoeira e muito difícil por causa das bancadas de areias do Rio do Inferno. O outro lado é banhado pelo oceano atlântico com enormes variedades de recifes, que formam em alguns locais, canais de difícil acesso para algumas praias mesmo na maré cheia. O arquipélago tem cerca de 460 quilômetros quadrados, Tinharé ocupa a grande parte 50%, Boipeba e Cairú ocupam de 20% á 25% cada ilha, e as outras vinte e três pequenas ilhas ficam com o restante do espaço que aproxima de 5%. Os maiores pontos acima do nível do mar são no povoado de Morro de São Paulo, onde se encontra o Farol, no Galeão, onde está a Igreja e na Ilha de Boipeba, onde está o morro da caixa D'água e o morro do quebra cu. O arquipélago possui em media de doze povoados sendo eles, na Ilha de Tinharé: Morro de São Paulo, Gamboa, Galeão, Zimbo, Guarapuá e Canavieira. Na Ilha de Boipeba temos os povoados de Velha Boipeba, Monte Alegre, São Sebastião (Cova da Onça) e Moreré. Na Ilha de Cairú, além da cidade de Cairú onde está à prefeitura do arquipélago tem o povoado de Torrinhas. O arquipélago possui aproximadamente doze mil habitantes divididos nas vinte e seis ilhas.
Aqui temos uma floresta densa de mata atlântica, restinga, dunas, serrados, extensos manguezais e praias. As áreas florestais encontradas na ilha servem como abrigo para diversas espécies de animais, destacando-se numa variedade de aves, colibris, tatus, raposas, répteis entre outros. O município contém uma Área de Proteção Ambiental (APA Tinharé-Boipeba, decreto estadual de 24 de junho de 1992), sob a coordenação do CRA - Centro de Recursos Ambientais, subdividida em duas áreas: AID - Área de Influência Direta, representada pelas Ilhas de Tinharé e Boipeba; e a AII - Área de Influência Indireta, que inclui a Micro-região de Valença.