Como já é de se esperar numa ilha da Bahia, a ilha de Boipeba possui um clima quente. De Dezembro a Fevereiro a maioria dos dias é de grande sol; dificilmente chove.
A partir de Março o clima dá uma esfriada, mas a época de chuva mesmo constitui-se a partir do mês de Abril, até o mês de Junho, com bastante incidência de chuvas.
É de real necessidade hidratar-se bastante, ingerir muito líquido, protetor solar a cada duas horas, mesmo que não esteja na praia, pois para quem não está acostumado o calor pode ser realmente insuportável no verão.